Впервые в исторических документах Спасскую церковь упоминают в первой четверти XVII века. В XVII-XVIII века деревянный храм неоднократно уничтожался пожаром и заново отстраивался.
В 1794 году по благословению архиепископа Тобольского и Сибирского Варлаама I (Петрова) заложили каменную церковь. Строительство было окончено через два года. Название храм получил с освящением верхней церкви в честь Спаса Нерукотворного в 1819 году.
Спасская церковь примечательна тем, что в 1837 году ее посетил цесаревич Александр, будущий император Александр II. Вместе с ним в храме побывал его наставник — поэт Василий Жуковский.
По инициативе исполнявшего обязанности старосты Спасской церкви купца Андрея Текутьева построили северный придельный храм. Работы завершились в 1916 году.
В 1929 году, во время гонений на Русскую Православную церковь, храм закрыли. С 1930 здание использовали как общежитие, а позже — передали библиотеке.
В 2020 году началась реставрация Спасской церкви. Под слоями бумаги художники нашли удивительную живопись. На протяжении четырех лет специалисты восстанавливали библейские и церковные сюжеты, чтобы вернуть храму его истинный вид.
